3 марта 1996 года самолет ЯК-40 выполнял чартерный рейс из Москвы в Донецк. На борту, кроме экипажа, находились Евгений Щербань, его жена Надежда Николаевна и сын. Супружеская чета Щербаней возвращалась в Донецк со свадьбы земляка — Иосифа Кобзона. Ровно в 13.09 борт №8418 совершил посадку в Донецке. К трапу самолета спустя пару минут был подан "Линкольн" — забрать семью Щербаня. Никакой охраны не было. Александра Кужель, достаточно хорошо знавшая Шербаня, говорила, что он предчувствовал свою смерть и не брал с собой телохранителей.
Как и полагается, самолет встречал аэродромный техник. Это был его последний рабочий день — смертельно раненный, он позже скончался прямо на поле. Для формального досмотра в салон зашел таможенник. Он опоздал и поэтому тоже попал под шквальный огонь убийц, был ранен, но остался жив. Но это случилось несколько минут позже. Как только пилоты выключили двигатели, с хвоста ЯК-40 спустили трап и стали грузить вещи в багажник "Линкольна".
В это время рядом со служебным входом в аэровокзал плавно остановились белые "Жигули" 99-й модели. Водитель, экипированный в милицейскую форму, остался за рулем, а двое пассажиров в форме пилотов гражданской авиации без излишней суеты и спешки направились к самолету. Привычная для аэропорта картина, поэтому никто ничего не заподозрил. К трапу самолета лже-летчики подошли именно тогда, когда семья Евгения Щербаня спустилась на бетонные плиты летного поля.
Дальше события развивались стремительно: прозвучали автоматные очереди, и через несколько секунд на аэродромных плитах лежали двое убитых и трое раненных, в том числе и сын. Истекая кровью, тяжело раненая жена закрыла своим телом Евгения Щербаня. Уже мертвого…Чуть позже, на руках у врачей, она скончалась.
В это время "99-я", объехав деревья, подкатила к самолету, забрала убийц и скрылась. Машину, обгоревшую до основания, нашли в тот же день в ближайшей лесополосе. Говорили, что за забором аэропорта для подстраховки этого заказного убийства стояли еще четыре автомобиля, но эту деталь в милиции не подтвердили и не опровергли. Не вызывало сомнений лишь то, что машину с киллерами беспрепятственно пропустили на летное поле аэропорта через КПП-2, находящееся рядом с офисом "Донецких авиалиний".
50-летний Щербань был хорошо известен в политических и бизнес-кругах Украины. Горный инженер по специальности, он до 1988 года работал на шахте, затем уволился и организовал кооператив "Прогресс". Чуть позже появилось главное детище Евгения — транснациональная корпорация "АТОН". Экономические интересы корпорации охватывают промышленное производство, финансовый сектор, торговлю. С его именем связывали фирмы "АМЕСТ", "Финансист", а также целый ряд других коммерческих структур. Определенное влияние на рынок нефтепродуктов Донбасса оказывает СП "Гефест", которое имеет сеть АЗС в области.
Политическую и коммерческую деятельность Евгения Щербаня нельзя рассматривать в отрыве от другого Щербаня — Владимира.
В 1994-1995 гг. связка губернатора Владимира Щербаня и его однофамильца Евгения являлась основой могущества донецкого финансово-промышленного клана. Щербани стремились если не подавить амбиции местных металлургических баронов, то по крайней мере поставить их интересы и ресурсы на службу донбасскому лобби как единому целому. Донецкий директорат воспринимал данную установку как открытое покушение на "свободу экономической деятельности". В итоге команда Щербаней довольно скоро вошла в конфликт с целой группой влиятельных директоров региональных металлургических предприятий и администраторов ("Азовсталь", "Металлургический комбинат им. Ильича"), с тогдашним мэром Мариуполя Михаилом Поживановым.
В общем, можно сказать, что недоброжелателей у Евгения Щербаня хватало. Поэтому трагическая развязка была вполне прогнозируемой. На протяжении последних лет появлялось множество версий его гибели, которые как бы жили своей жизнью и постепенно отходили на второй план.
Версия 1. Убийство Евгения Щербаня — результат передела сфер влияния в Донбассе. Экс-губернатор Владимир Щербань стремительно теряет свои позиции. Расстрел Евгения Щербаня является последней точкой.
Версия 2. На одном из российских сайтов появилась информация о том, что убийство Щербаня может иметь и прибалтийский след. В Эстонии у Щербаня было несколько фирм, которыми он руководил с 1992 года. Приехав в Эстонию, он начал активно устанавливать контакты с представителями местных банковских кругов. По утверждению эстонской газеты "Сынумилехт", Щербань стремился взять под свой контроль чуть ли не всю экономику республики. Также эстонские СМИ сообщают, что Евгений Щербань был связан не только с крупнейшими бизнесменами республики, но и с уголовными "авторитетами". В таких же связях его подозревали и правоохранительные органы Украины. По некоторым данным, бизнесмен был причастен к организации покушения на премьер-министра Украины Павла Лазаренко. Выходит, что Щербаня заказали эстонцы. Любопытным является то, что именно в эстонской версии впервые всплывает имя Лазаренко.
Версия 3. Евгения Щербаня убили по приказу Германа — лидера одной из крупнейших и организованных преступных группировок, действовавших на территории Краматорска Донецкой области. Группировка была организована в Краматорске в 1992 году и именовала себя "17-й участок". Одной из крупных афер, совершенных группировкой, стало хищение денег на предприятии "Донбасстрансгаз". В 1996 году они заключили договор между финансовой компанией "Ассет-интернешнл" и дочерним предприятием "Донтрансгаз", по которому финансовая компания получила право требовать долг с должников за потребленный газ на общую сумму около 10 миллионов долларов США. Поступавшие по данному договору материальные ценности и денежные средства направлялись в создаваемые "17-м кварталом" фиктивные фирмы, после чего обналичивались и присваивались. Герман был задержан сотрудниками Интерпола в германском городе Дюссельдорфе. При задержании у него был обнаружен "общак" группировки в сумме 1 000 000 марок. Главарь краматорской преступной группы был передан в руки правоохранительных органов Украины. Со временем о причастности Германа к убийству в Донецком аэропорту больше не вспоминали.
Новый всплеск по делу Щербаня зафиксирован в мае 2000 года. 19-го числа заместитель генпрокурора Николай Обиход сообщил, что задержан человек, который стрелял в народного депутата Украины Евгения Щербаня.
По его словам, следствием установлены все участники преступления и известны все обстоятельства подготовки и совершения убийства, функции каждого из участников, их роли и мотивы преступления. "Более месяца преступниками отрабатывался план подходов, отхода, распределение ролей", — подчеркнул Обиход. По его словам, группа киллеров состояла из 5 человек. Из них двое — украинцы, остальные — выходцы из других стран. Задержанный убийца, который по данным прокуратуры проходил подготовку в спецназе, — единственный оставшийся в живых, все остальные были убиты, как нежелательные свидетели. Всего к совершению убийства Щербаня причастно 10 человек. "Мотив — избавиться от конкурента в экономической и политической деятельности", — подчеркнул Обиход, добавив, что установлен и первый круг заказчиков. По данным прокуратуры, промежуточные заказчики, которые непосредственно договаривались с килерами, "уже мертвы". Обиход предполагает, что заказчики первого уровня принадлежат к экономическим и политическим кругам.
В свою очередь, министр внутренних дел Юрий Кравченко заявил, что следствию известны не только имена конкретных исполнителей убийств депутата Евгения Щербаня и донецкого преступного авторитете Ахатя Брагина ("Алик Грек", один из руководителей фирмы "Люкс", погиб осенью 1995 года в результате взрыва на донецком стадионе во время футбольного матча между командами "Шахтер" (Донецк) и "Таврия" (Симферополь). По словам Кравченко, к делу причастны "кое-кто… из верхов, кто заказывал эти убийства". В общем, именно с этого момента в деле Щербаня официально "засветился" Лазаренко. Его и обвинили в "заказе". Павел Иванович, в свою очередь, позвонил из тюрьмы и сказал, что не виновен.